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通風柜主要作用是抑制柜內產生的危害性化學氣體防止其泄漏，并盡快將其排出實驗室，保護實驗室員工的安全。當啟用通風柜時，操作者站在通風柜前，伸手進入通風櫥內部進行實驗操作時，氣流會在操作者身邊形成旋轉氣流，從而引起柜內氣體溢出，甚至是沿操作者身體到呼吸區域。進口風速越大，形成的旋轉氣流就越強
在相對很理想操作環境下，如果通風柜氣流抑制性能很出色，那么進口風速在0.3-0.41m/s可保證充足的氣流抑制，但是抑制性能會在這個范圍內有所波動，需要制定有效實驗室操作規范，并嚴格執行。通風柜進口風速在0.41-0.51m/s，氣流抑制性能也會產生波動，但是該風速適合絕大多數通風柜低風險運作，適用于大多數實驗室化學實驗，依舊要嚴格執行有效實驗室操作規范。
柜內放置裝備或儀器時，其擺放位置會影響通風柜內氣流形態，當操作人員站在通風柜前方時，會造成一股渦流，而此時如果操作人員前方物品置放位置不正確時，將會導致這種逆流及擾流的情形加重。
為此提供幾種建議做參考：
1、器材應盡量于靠通風柜內部深處放置，并應至少距離調節門15至20厘米。
2、若因裝備過長而將其伸出調節門外，或置放之位置足以影響調節門之開啟或關閉。
3、當放置設備高度超過10厘米時，此設備下方需要有氣流通道，可使用不銹鋼支架將設備架高，中空型或孔狀支架可以降低對氣流形態之干擾。
如何使用通風柜才能對健康安全有益
實驗室內在不使用通風柜時也要時常開窗通風。沒有補風裝置的通風柜，在使用時每2小時進行10分鐘的補風（即開窗通風），使用時間超過5小時的，要敞開窗戶，避免室內出現負壓。
禁止在未開啟通風柜時在其通風柜內做實驗。
禁止在做實驗時將頭伸進通風柜內操作或查看。
禁止通風柜內做國家禁止排放的有機物質與高氯化合物質混合的實驗。
禁止在沒有安全防護的情況下將所實驗的物質放置在通風柜內實驗，一旦出現化學物質噴濺出來，應立即將電源切斷。
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